蛋白印跡（Western blotting/protein blotting）用于分離和檢測生物樣本中的某一特定蛋白，其基本原理是通過凝膠電泳分離混合蛋白質(zhì)樣本，將其在特殊虹吸或電場裝置印跡（blot）至固相介質(zhì)上，即將凝膠與固相介質(zhì)（濾膜）貼合，可使凝膠中已分離的各蛋白條帶轉(zhuǎn)移至固相介質(zhì)的相應(yīng)位置；而后根據(jù)抗原-抗體特異性結(jié)合的原理，將針對(duì)特定蛋白的特異性酶聯(lián)抗體作用于濾膜，使目的蛋白與抗體特異性結(jié)合，最后利用偶聯(lián)的酶降解底物生成有色沉淀物或產(chǎn)生化學(xué)發(fā)光產(chǎn)物，從而在濾膜上顯示蛋白的存在及量。

DNA 印跡（Southern blotting）技術(shù)主要用于檢測基因組中某一特定 DNA 片段，其基本原理是首先由限制性內(nèi)切酶作用于染色體基因組，獲得若干大小不一 DNA 片段，通過瓊脂糖凝膠電泳各 DNA 片段根據(jù)大小不同得以分離。在印跡裝置中，DNA 在堿性緩沖液中變性為單鏈 DNA（ssDNA），在瓊脂糖凝膠上方覆蓋一層硝酸纖維素濾膜或尼龍膜，DNA 由于毛細(xì)效應(yīng)隨緩沖液向上到達(dá)濾膜，則將 DNA 條帶轉(zhuǎn)移到濾膜上。隨后以放射標(biāo)記的目的基因特異性 DNA 探針與濾膜孵育，最后通過放射自顯影法使目的 DNA 條帶顯示在膠片上。隨著免疫學(xué)技術(shù)的進(jìn)步，也可采用酶標(biāo)抗體法檢測探針中標(biāo)記的，利用酶作用于底物顯色，進(jìn)而反映目的 DNA。Southern blotting 在闡明免疫球蛋白和 T 細(xì)胞抗原受體（TCR）的多樣性中發(fā)揮了至關(guān)重要的作用。

與 Southern blotting 相對(duì)應(yīng)，RNA 印跡（Northern blotting）用于檢測樣本中特異性 mRNA 分子。mRNA 首先被變性成為非折疊線性形式，而后根據(jù)片段大小由凝膠電泳予以分離，而后轉(zhuǎn)移至硝酸纖維素膜上。濾膜隨之與放射標(biāo)記的 DNA/RNA 探針雜交，通過放射自顯影，顯示特異性 mRNA 分子的存在。Northern blotting 技術(shù)通常用于檢測特定 mRNA 的細(xì)胞表達(dá)水平。